Bom dia

Não refere a versão da aplicação que está a utilizar nem a portaria utilizar para a exportação (se a portaria 302 ou a portaria 274)

Vou presumir que está a utilizar a portaria 302
Caso tenha efectuado actualização de uma versão 8.3 para a 8.4 (onde a portaria 302 esta disponível)
tem de proceder à configuração conforme detalhes nas FAQS, assunto:

SAFT >> Portaria 302/2016 >> Faturação >> Actualização dos Códigos de IVA, como proceder? (Actualização Versão 8.4)

No caso de criar novos códigos de IVA com taxa a 0% tem de incluir um dos motivos de isenção

Cumprimentos