Bom dia,
já resolvi o problema. Não conseguíamos submeter os ficheiros SAFT porque iam em branco e a razão era porque não existia o ano fiscal em curso. Tentei colocá-lo, sendo que o último que estava na lista era o de 2013, mas não aceitava. Mais tarde tentei, então listar todos os anos fiscais desde o de 2014 até ao de 2018 em curso. Aí já aceitou e consegui gerar os SAFT que já foram submetidos.
É preciso tirar um curso de informática para se ser utilizador de uma aplicação de facturação!!!!!!

muito obrigado
Henrique Gouveia