Boa Tarde
Sim se a fatura está liquidada na totalidade através do recibo o programa considera que não pretende emitir a Nota de Credito.
Pode sempre anular o recibo, criar a nota de credito e pode criar novo recibo associado à fatura parcial e o restante montante por conta.
Verifique nas FAQ's para ver como anular o recibo e ajustar
Melhores Cumprimentos